Geisenhausen ist der Siedlungsschwerpunkt im Kleinen Vilstal. Bereits vor 7000 Jahren war das obere Tal der Kleinen Vils besiedelt. Scherbenfunde und Ausgrabungen beweisen, dass in dem Gebiet seit der Zeit der Linienbandkeramik um 5000 v. Chr. Menschen lebten.

Erstmals urkundlich erwähnt wird Geisenhausen am 4. Oktober 980. An diesem Tag schenkte der letzte Graf von Geisenhausen, Heinrich I., Bischof von Augsburg, seinen väterlichen Besitz in Gisinhusa dem Domkapitel von Augsburg. Der Ortsname Geisenhausen, Gisinhusir, bedeutet "bei den Häusern Giso". Durch die Endung -hausen kann die Entstehung der Marktgemeinde etwa ins 8. Jahrhundert datiert werden. Wahrscheinlich ist Geisenhausen also sogar um 200 bis 300 Jahre älter.

Durch die Verleihung von Marktrechten im Jahr 1393 durch Herzog Friedrich den Weisen von Bayern-Landshut begann in Geisenhausen die märktische Selbstverwaltung.

Bereits in der Schenkungsurkunde von 980 ist eine Kirche in Geisenhausen erwähnt. Die heutige Pfarrkirche Sankt Martin wurde ab 1477 gebaut. Von etwa 1390 bis 1790 pilgerten die Menschen zur Wallfahrtskirche Sankt Theobald, deren ältester Teil die heutige Sakristei (erbaut um das Jahr 1300) bildet.

Im 19. Jahrhundert war Geisenhausen finanziell eine arme Gemeinde. Erst in der zweiten Hälfte des Jahrhunderts ging es ihr wirtschaftlich besser. Aus einem überwiegend bäuerlich strukturierten Gemeinwesen entstand im Zuge der Industrialisierung eine Mischung aus Handwerksbetrieben und Fabriken. Die Einwohnerzahl stieg mit dem Bau der Leder- und Schäftefabrik Dräxlmaier, der Leder- und Textilbekleidungsfabrik Zeiler und einer Malzfabrik und einer Ziegelei kontinuierlich an. In diesen Aufwärtstrend passt auch der Bau der Eisenbahnlinie Landshut-Neumarkt/St. Veit 1881-1883 mit der Bahnstation Geisenhausen. "Somit war Geisenhausen an den Weltverkehr angeschlossen", stellte Oberlehrer Theodor Fahrmeir in seiner Chronik fest.

Im Jahr 1840 waren es noch 556 Einwohner. 1928 lebten bereits 1436 Bürger in Geisenhausen. Der Bau eines Kindergartens und die Gründung der Raiffeisenbank am Ende des 19. Jahrhunderts weisen den Markt als aufstrebende Gemeinde aus.

Während die wirtschaftliche Entwicklung in Eigendynamik voranschritt, kam die Zeit des Dritten Reiches über Geisenhausen. 181 junge Menschen aus der Pfarrei starben im Krieg, 78 wurden vermisst. Nach 1945 kamen Hunderte von Flüchtlingen in den Ort. Die Not der Nachkriegslage lastete schwer auf der Bevölkerung. Nach der Währungsreform 1948 ging es allmählich wieder aufwärts.

Das Wirtschaftswunder in den 50er- und 60er-Jahren bescherte auch dem Markt Geisenhausen einen großen Aufschwung. Rund um den alten Ortskern wurden Baugebiete erschlossen. Wegen der wachsenden Bevölkerungszahl mussten ein neuer Kindergarten und die Grund- und Mittelschule gebaut werden. Auch ein neuer Friedhof musste angelegt werden. Seit der Gebietsreform von 1978 wurde der Rathausneubau immer dringender. 1983 konnte das neue Rathaus am Marktplatz bezogen werden.